Vývoj a validace RT-qPCR metody pro detekci viru chřipky

28. 2. 2019

Kromě rutinní laboratorní analýzy se laboratoř věnuje projektům zaměřeným na vývoj a implementaci nových metod a technologií, a to zejména v oblasti diagnostické virologie.

Vývoj a validace RT-qPCR metody pro univerzální detekci viru chřipky A

Extrémní genetická variabilita viru chřipky A představuje zásadní problém v molekulární detekci tohoto významného humánního i veterinárního patogenu. Kontinuální změna v čase, široký hostitelský okruh, včetně možností zoonotických infekcí a reverzních zoonóz, detekci viru chřipky A zásadním způsobem ztěžují, následkem čehož je nutnost neustálé modifikace stávajících metod, eventuálně zavádění metod nových. Z uvedeného důvodu jsou současné RT-qPCR metody spíše navrženy na detekci viru chřipky A u jednotlivých hostitelských kategorií, například pro aviární influenzu, sezonní chřipku A u lidí, detekci u prasat nebo koní. Nejenže jsou tyto metody odlišné – často se doporučuje několik metod pro detekci chřipky A i u daného hostitele. Například aktuální WHO manuál uvádí 4 různé RT-qPCR metody pro detekci chřipky A u lidí.

Naše předchozí práce, která byla zaměřená na analýzu variability M segmentu viru chřipky A porovnáním úplné databázové kolekce sekvencí ze všech subtypů, hostitelů a ohnisek v letech 1919–2018 (více než 90 000 sekvencí), identifikovala přítomnost vysoce konzervativních oblastí. V návaznosti na uvedené výsledky je naším cílem navrhnout a plně validovat univerzální RT-qPCR metodu použitelnou pro rutinní monitoring viru chřipky A nejen u lidí, ale i u prasat, ptáků a dalších hostitelských druhů s kapacitou detekce zoonotických infekcí, včetně nových potenciálně pandemických kmenů.

 

 

Nagy A, Jiřinec T, Jiřincová H, Černíková L, Havlíčková M. (2019) In silico re-assessment of a diagnostic RT-qPCR assay for universal detection of Influenza A viruses. Sci Rep. 2019 Feb 7;9(1):1630. doi: 10.1038/s41598-018-37869-w.

Nagy A, Černíková L, Vitásková E, Křivda V, Dán Á, Dirbáková Z, Jiřincová H, Procházka B, Sedlák K, Havlíčková M. (2016) MeltMan: Optimization, Evaluation, and Universal Application of a qPCR System Integrating the TaqMan qPCR and Melting Analysis into a Single Assay. PLoS One. 2016 Mar 31;11(3):e0151204. doi: 10.1371/journal.pone.0151204. eCollection 2016. Erratum in: PLoS.

Nagy A, Vostinakova V, Pirchanova Z, Cernikova L, Dirbakova Z, Mojzis M, Jirincova H, Havlickova M, Dan A, Ursu K, Vilcek S, Hornickova J. (2010) Development and evaluation of a one-step real-time RT-PCR assay for universal detection of influenza A viruses from avian and mammal species. Arch Virol. 2010 May;155(5):665-73. doi: 10.1007/s00705-010-0636-x. Epub 2010 Mar 13.

Molekulární diagnostika

RNDr. Alexander Nagy, Ph.D.
770 118 897
alexander.nagy@svupraha.cz

Cookies používáme ke zlepšení fungování našeho webu. Pokračováním prohlížení souhlasíte s jejich používáním.
Souhlasím