Vývoj a validace RT-qPCR metody detekce cirkovirů

28. 2. 2019

Vývoj a validace RT-qPCR metody pro univerzální detekci cirkovirů u papoušků a fylogenetická analýza kmenů cirkulujících na území České republiky

Papouščí cirkovirus, (BFDV, psittacine beak and father disease virus) je závažná virová nákaza především mladých papoušků, která představuje významnou hrozbu pro všechny chovatele exotického ptactva včetně zoologických zahrad. Z uvedeného důvodu je vyšetření karanténních zvířat rychlými a dostatečně citlivými metodami klíčovým faktorem v prevenci šíření infekce a zavlečení nákazy do BFDV prostých chovů. Ve snaze zkvalitnit BFDV diagnostiku naše laboratoř vyvinula a validovala RT-qPCR metodu pro univerzální detekci viru BFDV.

V návaznosti na uvedený projekt v současnosti pracujeme na navržení a optimalizaci univerzální metody pro celogenomové sekvenování viru BFDV bez ohledu na hostitelský druh, nebo fylogenetickou linii. Metoda bude kompatibilní se sangerovou i NGS sekvenační technologii a bude validována na panelu PBFDV kmenů detekovaných na území České republiky. Uvedená metoda má potenciální využití jednak v pro konfirmaci RT-qPCR výsledků a dále pro detailní analýzu genetické variability viru a fylogeneze.

 

Černíková L., Vitásková E., Nagy A. (2017) Development and evaluation of TaqMan real-time PCR assay for detection of beak and feather disease virus. J Virol Methods. 2017 Jun;244:55-60. doi: 10.1016/j.jviromet.2017.02.017. Epub 2017 Mar 2.

MOLEKULÁRNÍ DIAGNOSTIKA

Ing. Lenka Černíková
770 118 896
lenka.cernikova@svupraha.cz