Naše laboratoř typizovala během měsíce září virus chřipky A subtypu H1N1 získaný ze vzorku krevního séra prasete domácího.
Virus je původcem respiračního onemocnění prasat, způsobuje vysokou nemocnost, ale nízkou úmrtnost. Historicky byly u prasat identifikovány tři základní subtypy viru chřipky A: H1N1, H1N2 a H3N2. Virus je tvořen z 8 segmentů, které se mohou navzájem zaměňovat (tzv. reassortment). K záměně segmentů může docházet napříč zvířecími druhy. Můžeme sledovat reassortment mezi viry prasečí a ptačí chřipky, ale také jsou popsány záměny mezi prasečími a lidskými viry chřipky A.
Celogenomové sekvenování odhalilo, že subtyp H1N1 u námi sekvenovaného izolátu vznikl kombinací 2 segmentů H1 a N1 původem z viru ptačí chřipky (Eurasian avian H1N1-like virů) a zbývajících 6 segmentů mělo původ z viru prasečí pandemické chřipky H1N1 z roku 2009.
Na základě porovnání s jinými evropskými kmeny prasečí chřipky můžeme námi sekvenovaný izolát zařadit do skupiny raritních variant s výskytem 1-2% v Evropě. Analýza sekvencí z celosvětové databáze (BLAST) nám ukázala shodu s historickými prasečími kmeny chřipky, což naznačuje, že evropská populace domácích prasat je rezervoárem mnohem různorodější populace chřipkových virů, než se obecně předpokládá.
