Koňská chřipka subtypu H3N8 (equine influenza virus, EIV) představuje jedno z nejčastějších respiračních onemocnění koní. Ačkoli infekce jen vzácně vede k úhynu, vysoká nakažlivost viru vedla k zavedení účinného a široce využívaného preventivního očkování. Z tohoto důvodu se EIV molekulárně vyšetřuje pouze omezeně.
V dubnu letošního roku jsme v nosních výtěrech dvou koní z odlišných oblastí České republiky detekovali virus EIV H3N8. Genetická analýza prokázala, že oba české izoláty jsou téměř identické a spadají do globálně dominantní americké sublinie. Překvapivým zjištěním bylo také to, že podle dostupných databázových údajů nejsou za posledních pět let, s výjimkou přibližně 90 genomů z Anglie a jednoho izolátu z Itálie, k dispozici téměř žádné genetické informace o evropských kmenech EIV.
Dalším významným poznatkem je, že české viry se od těchto evropských EIV výrazně odlišují a vykazují nejbližší příbuznost s recentními viry z USA a Japonska detekovanými v letech 2024–2025. Tyto výsledky poukazují na významné mezery v současných znalostech genetické heterogenity evropských virů EIV H3N8. Oba české genomy H3N8 byly následně vloženy do mezinárodní genetické databáze.