Původcem klíšťové encefalitidy je virus ze skupiny flavivirů, který je přenášen nejčastěji klíštětem obecným (Ixodes ricinus). Virus mohou šířit všechna vývojová stádia klíštěte, tzn. larva, nymfa, dospělec. K nákaze klíšťovou encefalitidou může dojít i alimentární cestou, a to po požití nepasterizovaného kravského, ovčího nebo kozího mléka od nakažených zvířat.
U zvířat probíhá nákaza často bez příznaků. V případě klinických příznaků se nejčastěji objevuje horečka, apatie a v závažnějších případech nervové příznaky (zvýšená citlivost, svalové záškuby až ochrnutí končetin).
