Celogenomové sekvenování
Nabízíme celogenomové sekvenování bakterií, které provádí oddělení molekulární biologie metodou nové generace Oxford Nanopore. Tato metoda patří mezi jednu z nejmodernějších technologií sekvenování třetí generace.
Metoda je založena na principu, kdy nukleová kyselina prochází bakteriálním pórem a tím vytváří změnu elektrického signálu v závislosti na nukleotidové sekvenci. Analýza probíhá na čipu (tzv. flow cell), který obsahuje lipidovou membránu s ukotvenými nanopóry. V případě zájmu o více informací o této technologii navštivte stránky Oxford Nanopore.
Velký přínosem sekvenování pomocí Oxford Nanopore technologie je možnost čtení velmi dlouhých segmentů DNA/RNA. Délka přečteného segmentu je závislá pouze na délce získané nukleové kyseliny.
Dalšími výhodami tohoto sekvenování je:
rychlost přípravy knihoven
Některé kity nevyužívají amplifikaci pomocí PCR, a proto zde nedochází k chybám s ní spojenými.
přesnost výstupních dat
Díky pokroku v bioinformatice, chemii a nabízené generaci flow cell R se přesnost uvádí >99%, což je na úrovni přesnosti dat ze sekvenování technologií Illumina.
nízké požadavky na počet vzorků do běhu
Např. oproti sekvenování technologií Illumina
Tuto sekvenační technologii jsme aplikovali pro celogenomové sekvenování SARS_Cov2 a v současnosti ji používáme na celogenomové sekvenování viru ptačí chřipky.
Nově metodu nabízíme pro sekvenování bakteriálních genomů ve formě hrubých dat.
U níže uvedených druhů bakterií nabízíme i sestavení sekvencí (bakteriální chromozom a plazmidy). Po domluvě je možné stanovit sérotyp a provést MLST profilování a analýzu genů pro toxiny, rezistencí atd.
Escherichia coli (EC)
Salmonella
Clostridium perfringens
Taylorella equigenitalis
Enterococcus faecalis
Enterococcus faecium
Campylobacter jejuni
Staphylococcus aureus
